中国国际科技合作协会充分发挥其在网络方面的优势，即：跨部门、跨地区的特性，横向和纵向联系网络作用，努力组织国内各部门，特别是各省、市间的合作与交流，支持地方的科技外事工作。如：组织地方科技外事工作联席会议、参加和支持地方科技外事工作会议和科技交流活动、推进各地企业孵化器的国际化、召开各地国际科技合作协会工作座谈会等。2001年起为了发挥科技口国际合作部门的协作和联合行动，协会组织了多次“五科”合作司（局）长交流会，受到参加部门的欢迎。 此外，协会也在努力建立与国外对口单位的合作。